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ISTJ, 회계쟁이의 세금 이야기

법인세신고 길라잡이_비영리법인에 대한 과세특례_수익사업 소득에 대한 과세, 비영리내국법인의 고유목적사업준비금 손금산입

by ISTJ, 회계쟁이 2025. 1. 11.
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<수익사업 소득에 대한 과세>

 

[수익사업 소득에 대한 과세]

 

- 비영리내국법인의 고유목적사업준비금 손금산입

- 비영리내국법인이 그 법인의 고유목적사업 또는 일반기부금을 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 일정범위 안에서 소득금액 계산상 손금에 산입합니다(법법§29).

 

☞ 수익사업에서 발생한 소득에 대해 법인세법 또는 조세특례제한법에 의한 비과세・면제, 준비금 손금산입, 소득공제 또는 세액감면(세액공제 제외)를 받는 경우 고유목적사업준비금을 손금 산입할 수 없습니다 (법법§29⑧, 2006.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 적용).

 

 

 

- 준비금 설정 대상법인

❖ 고유목적사업준비금은 결산조정 사항이나(법법§29ⓛ), 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적사업준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 봅니다(법법§29②).

 

준비금 설정대상 법인

- 법인세법에서 규정하는 비영리내국법인

- 국세기본법§13① 및 ②의 규정에 의한 법인으로 보는 단체 중 다음의 법인

⦁법령§39①(1) 에 해당하는 단체

⦁법령에 의하여 설치된 기금

⦁공동주택관리법§2①(1) 가목에 따른 공동주택의 입주자대표회의・임차인대표회의 또는 이와 유사한 관리기구

 

☞ 비영리내국법인으로 의제하는 정비사업조합에 해당하는 경우에는 고유목적사업준비금 설정 대상에 해당하지 아니함(조특법§1047②).

☞ 당기순이익과세를 적용받는 조합법인과 청산 중에 있는 비영리내국법인은 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 없음(통칙 29-56…1).

 

 

 

- 준비금 설정한도(법법§29①)

- 법인세법§29①(1)에 규정된 것 외의 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 (1)각 목의 소득금액을 합한 금액에서 그 결손금을 차감한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입합니다.

- 다만, 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 공제사업을 영위하는 비영리내국법인의 경우에는 2017.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 적용(법률 제13555호 부칙§4 단서)

 

100% 고유목적사업준비금 설정대상 소득

- 소득세법§16① 각 호에 따른 이자소득의 금액(비영업 대금의 이익은 제외, 비영업 대금의 이익은 50% 준비금 설정 가능)

 

- 소득세법§17① 각 호에 따른 배당소득의 금액(상증법§16 §48에 의해 상속・증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식 등으로부터 발생한 배당소득 제외)

2012.1.1. 이후 개시사업연도 분부터는 소득세법상 이자소득과 배당소득 전체(비영업대금의 이익 및 상증법에 의하여 상속세 또는 증여세 과세대상에 포함된 주식 등으로부터 발생한 배당소득 제외)에 대하여 100% 준비금 설정 가능

 

- 특별법에 따라 설립된 비영리법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

 

- 조세특례제한법§74①에 규정된 법인의 수익사업에서 발생한 소득

 

 

 

80% 고유목적사업준비금 설정대상 소득

- 공익법인의설립・운영에관한법률에 의하여 설립된 법인으로 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 50% 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 수익사업소득으로서 전액 고유목적사업준비금을 설정할 수 있는 소득이 아닌 기타 수익사업소득 (법법§29①)

2012.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 지출액의 80% 이상을 장학금으로 사용시 100%

설정 가능(조특법§74①(8))

 

50% 손금산입 대상소득

기타의 수익사업에서 발생한 소득=해당 사업연도의 기타의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 특례기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액)100% 고유목적사업준비금 설정대상 이자소득 등-이월결손금-법 제24조 제2항 제1호에 따른 기부금

 

 

 

- 준비금의 사용

❖ 손금에 산입한 고유목적사업준비금을 설정사업연도 이후 5년 이내에 설립목적을 직접 수행하는 고유목적사업 또는 일반기부금에 사용하고 남은 잔액은 5년이 되는 날이 속하는 사업연도의 소득금액 계산시 익금에 산입합니다.

 

- 고유목적사업

당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 따른 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 법인세법 시행령§3①의 수익사업 외의 사업을 말함(법령§56⑤).

 

- 고유목적사업에 지출 또는 사용한 것으로 보는 금액(법령§56⑥). 다만, 유형자산 및 무형자산 취득 후 고유목적사업 등에 3년 이상 자산을 직접 사용하지 않고 처분하는 경우는 제외

⦁고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 유형자산 및 무형자산 취득비용 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액

 

* 공익법인 경영의 투명성을 제고하기 위하여 기타의 수익사업에서 발생한 소득의 50%를 초과하여 고유목적사업준비금으로 손금산입하는 장학법인 및 사회복지법인 등이 해당 법인의 임원 및 직원에게 지급하는 총급여액이 연간 8천만원을 초과하는 경우 인건비 지급규정에 대해 주무관청의 승인을 받은 경우 외에는 그 초과하는 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액에서 제외합니다(법령§56⑪).

2012.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 적용

 

 

 

⦁특별법에 의하여 설립된 법인으로서 건강보험・연금관리 및 공제사업 등을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령의 규정에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액

 

⦁농협협동조합중앙회가 법인세법§61①에 따라 계상한 고유목적사업준비금을 회원에게 무상으로 대여하는 금액

 

⦁농협협동조합중앙회, 수산업협동조합중앙회 등이 상호금융예금자보호기금 등에 출연하는 금액

 

⦁제주국제자유도시개발센터가 외국교육기관 및 외국의료기관 유치 및 설립・운영 지원(관련 토지 취득・비축을 포함), 국제자유도시와 관련된 투자유치업무 등에 지출하는 금액(2011.3.31.신설)

2011.3.3.1이 속하는 사업연도에 최초로 신고하는 분부터 적용

 

⦁의료업을 영위하는 비영리법인이 손금에 산입한 고유목적사업준비금을 의료기기 등 유형자산 및 무형자산의 취득 또는 연구개발사업, 의료 해외진출을 위하여 지출하는 금액

 

 

 

⁃ 유형자산 및 무형자산 등의 범위(연구개발사업은 ’14년 지출분부터 적용)

- 유형・무형자산 또는 의료 해외진출 지출액 연구개발사업

㉠ 병원 건물 및 부속토지

㉡ 의료기기법에 따른 의료기기

㉢ 보건의료기본법에 따른 보건의료 정보의 관리를 위한 정보시스템 설비

㉣ 산부인과 병원・의원 또는 조산원을 운영하는 의료법인이 취득하는 「모자보건법」 제2조 제10호에 따른 산후조리원 건물 및 부속토지

㉠ 조세특례제한법 시행령 별표 6 1호 가목에 따른 자체연구개발 사업

㉡ 조세특례제한법 시행령 별표 6 1호 나목에 따른 위탁 및 공동 연구개발사업

 

⁃ 의료기기 등 사용금액의 처리방법

고유목적사업준비금 중 의료기기 등 취득금액을 의료발전회계로 구분 경리하여야 합니다.

 

 

 

⁃ 의료발전회계의 처리방법(통칙 29-56…6)

구분 병원회계(수익사업) 의료발전회계
100
전입시
고유목적사업준비금전입 100 / 고 유 목 적 사 업 준 비 금 100 -
100
구입시
자 산 100 / 현 금 100
고유목적사업준비금 100 / 의료발전준비금 100
자산(별도관리) 100
/의료발전준비금 100
20
감가
상각시
감 가 상 각 비 20 / 감 가 상 각 누 계 액 20
의 료 발 전 준 비 금 20 / 의료발전준비금환입(익금) 20
의료발전준비금 20
/자 산 20
50으로
처분시
현 금 50 / 자 산 100
감 가 상 각 누 계 액 20 / 의료발전준비금환입(익금) 80
처 분 손 실 30 /
의 료 발 전 준 비 금 80
의료발전준비금 80
/자 산 80

 

 

 

준비금의 사용 순서 등

- 당해 법인의 고유목적사업 또는 일반기부금에 사용한 금액은 먼저 계상한 준비금부터 사용한 것으로 봅니다.

 

- 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금 잔액을 초과하여 당해 사업연도의 고유목적사업 등에 지출한 금액은 이를 당해 사업연도의 고유목적사업 준비금으로 계상하여 지출한 것으로 봅니다.

 

 

 

- 준비금의 익금산입

❖ 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 다음에 해당되는 경우에는 5년이 경과하기 전이라도 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액 계산시 준비금 잔액을 익금에 산입합니다.

 

- 해산 하거나 고유목적사업을 전부 폐지한 때

 

※ 고유목적사업준비금을 설정한 비영리내국법인이 사업에 관한 모든 권리와 의무를 다른 비영리내국법인에게 포괄적으로 양도하고 해산하면서 법인의 준비금을 승계하는 경우 준비금의 환입사유에서 제외됨(법법§29④)

☞ 상기 규정은 2011.1.1. 이후 최초로 해산등기하는 분부터 적용됨

 

- 법인으로 보는 단체가 승인취소 되거나 거주자로 변경된 때

 

- 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)

 

- 고유목적사업준비금을 고유목적사업등이 아닌 용도에 사용한 경우

 

 

 

5년 이내에 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 고유목적사업준비금 잔액을 익금에 산입하는 경우와 손금계상 후 5년 내 준비금을 환입계상한 경우는 이자상당액을 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부하여야 함(법법§29⑦).

 

* 이자상당액=①×②

① 당해 고유목적사업준비금의 잔액을 손금에 산입한 사업연도에 그 잔액을 손금에 산입함에 따라 발생한 법인세액의 차액

② 손금에 산입한 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 익금에 산입한 사업연도의 종료일까지의 기간에 대하여 110만분의 22의 율

 

 

 

[관련 예규]

 

고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인의 수입배당금 익금불산입

비영리내국법인이 배당소득 중 일부 금액에 대해 「법인세법」 제29조에 따라 고유목적사업준비금 설정으로 손금 산입하는 경우에는 같은 법 제18조의3에 따른 수입배당금액 익금불산입의 적용이 배제되는 것임(기획재정부 법인세제과-1241, 2017.09.25.)

 

신규로 설립되어 고유목적사업준비금 잔액이 없는 비영리법인의 경우

신규로 설립되어 고유목적사업준비금 잔액이 없는 비영리내국법인이 당해 법인의 고유목적 사업이나 지정기부금으로 지출한 금액은 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보는 것이며, 이 경우 법인세법 제29조제1항에 따른 당해 사업연도의 고유목적사업준비금의 손금산입 범위를 초과하여 지출하는 금액은 손금에 산입하지 아니함(법인세과-651, 2011.9.5.)

 

고유목적사업준비금 설정과 경정청구의 관계

주식회사의 외부감사에 관한 법률 제3조에 따라 감사인의 회계감사를 받는 비영리 내국법인이 법인세법 제61조에 따라 같은 법 제29조의 고유목적 사업준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액 상당액이 해당 사업연도의 이익처분에 의해 고유목적사업준비금으로 적립되어 있는 경우에는 그 금액을 손금으로 계상한 것으로 보는 것이나, 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 손금으로 계상하지 아니하였거나 과소 계상한 경우에는 그 이후 경정 등의 청구에 의해 손금에 산입할 수 없는 것임(법인세과-494, 2009.4.24.)

 

 

 

고유목적사업준비금 설정이 불가능한 비영리법인의 수입배당금 익금불산입

법인세법 제18조의3 1항을 적용함에 있어 비영리내국법인이란 같은 법 제29조에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인을 말하는 것임(재법인-0033, 2009.1.16.)

 

비영리내국법인이 법정기부금 지출시 고유목적사업준비금 지출 여부

비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 손금산입한 후 지정기부금으로 지출하는 금액은 고유목적사업준비금을 사용한 것으로 보는 것이나, 국립대학 및 「사립학교법」에 의한 사립학교에 장학금으로 지출한 기부금은 고유목적 사업준비금에서 상계처리하지 아니하고 「법인세법」 제24조제2항에 따라 법정기부금의 손금산입한도액내에서 손금에 산입하는 것임(법인세과-138, 2009.1.12.)

 

사립학교법인의 고유목적사업준비금 사용시점

사립학교법에 의한 학교법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업 회계에 전출한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 보아 법인세법 제29조제2항의 규정을 적용하는 것임. 다만, 당해 전출의 행위가 명목뿐인 경우로서 당해 재산을 계속하여 수익사업에 사용하거나, 동 자산이 전출 후에도 수익사업과 비영리사업에 공통되는 경우에는 그 전출이 없는 것으로 보는 것임(서면2-341,2006.2.14.)

 

 

 

[집행기준 29-56-7 고유목적사업준비금의 사용]

① 고유목적사업준비금은 그 준비금을 손금에 산입한 날이 속하는 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업에의 지출이나 지정기부금의 지출에 사용하여야 한다. 이 경우 고유목적사업에의 지출이란 수익사업에서 발생한 소득으로 해당 비영리법인의 고유목적사업 수행을 위하여 실제로 지출(연구비나 장학금 등 지급)하는 것을 말한다.

 

② 고유목적사업준비금의 사용 여부에 대한 사례를 예시하면 다음과 같다.

고유목적사업준비금의
사용으로 보는 경우
고유목적사업준비금의
사용으로 보지 않는 경우
⦁비영리내국법인이 정관상 고유목적사업을 수행하는 직원의 주거용으로 취득하는 사택의 취득비용
⦁사내복지근로기금이 고유목적사업준비금을 우리사주조합에 우리사주 구입자금지원 목적으로 지출하는 금액(, 수익사업에 해당하는 경우 제외)
⦁비영리내국법인이 고유목적사업에 직접 사용하기 위해 사무실을 임차하고 지급한 임차보증금 및
임대료
⦁의료법인이 노인의료복지시설 중 노인요양시설 공사를 위하여 지출한 금액
⦁의료법인이 취득한 병원건물 내 진료실을 건강검진센터 및 영안실로 용도변경을 위해 지출한 공사비
⦁의료법인이 의료기기 등의 유형자산 및 무형자산 취득을 위해 차입한 금액을 상환하는 경우 해당
금액
⦁사내근로복지기금이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 기본재산으로 편입한 경우

 

 

 

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1. 홈택스 로그인은 간편인증서, 공인인증서, 금융인증서 등 다양한 방법으로 로그인 가능합니다.

 

2. 세금신고는 홈택스 상단 메뉴에서 세금신고를 선택하신 후, 화면 중단에서 신고하고자 하는 세금 종류를 선택하시면 됩니다.

 

3. 홈택스에는 모의계산, 간편계산 또는 자동계산 등으로 신고의 편의를 위한 메뉴가 있으니, 실제 신고에 앞서 또는 신고 과정에서 보다 손쉽게 세금 신고하실 수 있습니다.

 

 

 

이상으로 법인세신고 길라잡이_비영리법인에 대한 과세특례_수익사업 소득에 대한 과세, 비영리내국법인의 고유목적사업준비금 손금산입에 대해 정리하였습니다.

 

상기 내용은 2024법인세 신고안내 매뉴얼의 내용을 기반으로 재작성하였습니다.

 

오늘도 좋은 하루 되십시오.

 

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