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ISTJ, 회계쟁이의 세금 이야기

합병분할세제_지분의 연속성 요건, 주식보유요건, 적격합병으로 보는 부득이한 사유

by ISTJ, 회계쟁이 2025. 4. 18.
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<주식보유요건>

 

[주식보유요건]

 

3. 주식보유요건

 

. 연혁

 

- 2009년 합병세제 전면 개편(201071일 시행) 전에는 주식보유요건을 적용하지 않았다.

 

- 이에 따라, 합병 직후 합병교부주식을 모두 처분한 경우에도 지분의 연속성 요건을 충족하게 되는 문제점이 발생하였으며, 이러한 문제점을 개선하기 위해 2009년 합병세제 전면 개편 시 주식보유요건을 신설하였다.

 

 

 

. 요건

 

- 피합병법인의 특정 지배주주가 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 합병교부주식을 보유하여야 한다(법 제44조 제2항 제2호 및 영 제80조의2 5).

 

- 다만, 부득이한 사유로 인해 특정 지배주주가 합병교부주식을 처분하는 경우에는 주식보유요건을 갖추지 못하더라도 적격합병으로 본다(법 제44조 제2항 각 호 외의 부분 단서 및 영 제80조의2 1항 제1).

 

- 따라서 피합병법인의 특정 지배주주가 합병등기일이 속하는 사업연도 종료일까지의 기간 중에 합병교부주식을 처분하더라도 적격합병에 해당하는 경우가 발생한다.

 

[합병교부주식의 보유 요건]
[합병교부주식의 보유 요건]

[합병교부주식의 보유 요건]

 

 

 

. 적격합병으로 보는 부득이한 사유(법 제44조 제2항 각 호 외의 부분 단서 및 영 제80조의2 1항 제1)

 

① 특정 지배주주가 합병으로 교부받은 전체 주식(전체 특정 지배주주가 교부받은 합병교부주식)2분의 1 미만을 처분한 경우

 

- 이 경우 특정 지배주주가 합병으로 교부받은 주식을 서로 간에 처분하는 것은 특정 지배주주가 그 주식을 처분한 것으로 보지 않으며, 합병교부주식과 합병교부주식 외의 합병법인의 주식을 보유하고 있는 특정 지배주주가 합병법인 주식을 처분하는 경우에는 합병법인이 선택한 주식을 처분한

것으로 본다.

 

 

 

[개정 연혁 요약]

구 분 2010.6.8. 신설 2012.2.22. 개정 2019.2.12. 개정
판정단위 개별 특정 지배주주 전체 특정 지배주주 좌 동
특정 지배주주 간 거래 규정 없음 계속 보유로 간주 좌 동
처분순서 규정 없음 ① 합병교부주식 외 합병법인 주식
② 합병교부주식
합병법인이 선택

 

 

 

- 2010.6.8. 「법인세법 시행령」 개정 시 피합병법인의 특정 지배주주가 합병교부주식을 교부받고 합병등기일이 속하는 사업연도말까지 개별 특정 지배주주별로 개별 특정 지배주주가 교부받은 합병교부주식을 2분의 1 미만으로 처분한 경우에도 주식교부요건을 충족하는 것으로 관련 규정이 신설되었다.

 

- 종전의 규정이 개별 특정 지배주주별로 주식교부요건의 충족 여부를 판단함에 따라 개별 특정 지배주주의 임의적인 의사결정으로 합병교부주식을 2분의 1 이상 처분한 경우 주식보유요건을 충족하지 못하게 되는 문제점이 발생하였다.

 

- 이에 따라 2012.2.2. 「법인세법 시행령」 개정 시 이러한 문제점을 보완하기 위해 개별 특정 지배주주가 아닌 전체 특정 지배주주를 기준으로 2분의 1 미만으로 처분하였는지 여부를 판단하도록 하고, 특정 지배주주 간에 합병교부주식을 처분하는 경우에는 합병교부주식을 계속 보유하는 것으로 보도록 관련 규정을 보완하였다.

 

 

 

- 아울러, 합병 외의 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 지배주주가 주식을 처분하는 경우 합병 외의 다른 방법으로 취득한 주식을 먼저 처분한 것으로 보도록 하였다.

 

- 2012.2.2. 「법인세법 시행령」 개정에도 불구하고, 복수의 적격합병의 경우 각 합병에 따른 합병교부주식 간 처분순서에 대한 규정이 없어 특정 지배주주가 어느 합병교부주식을 먼저 처분한 것으로 볼지에 대하여 과세관청과 납세자 간에 다툼이 발생하였다.

 

- 이에 따라 2019.2.12. 「법인세법 시행령」 개정 시 취득방법, 취득시기 등과 무관하게 특정 지배주주가 주식을 처분한 경우 합병법인이 선택한 주식을 처분한 것으로 보도록 개정하여 특정 지배주주의 주식 처분으로 주식보유요건을 충족하지 못하는 경우를 최소화하였다.

 

 

 

② 해당 특정 지배주주가 사망하거나 파산하여 주식을 처분한 경우

 

③ 해당 특정 지배주주가 적격합병, 적격분할, 적격물적분할 또는 적격현물 출자에 따라 주식을 처분한 경우

 

④ 해당 특정 지배주주가 「조세특례제한법」 제38조・제38조의2 또는 제121조의 30에 따라 주식을 현물출자 또는 교환・이전하고 과세를 이연받으면서 주식을 처분한 경우

 

⑤ 해당 특정 지배주주가 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식을 처분하는 경우

 

⑥ 해당 특정 지배주주가 「조세특례제한법 시행령」 제34조 제6항 제1호에 따른 기업개선계획의 이행을 위한 약정 또는 같은 항 제2호에 따른 기업개선계획의 이행을 위한 특별약정에 따라 주식을 처분하는 경우

 

⑦ 해당 특정 지배주주가 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식을 처분하는 경우

 

 

 

<홈택스 신고 바로가기>

국세청 홈택스 신고 바로가기

 

1. 홈택스 로그인은 간편인증서, 공인인증서, 금융인증서 등 다양한 방법으로 로그인 가능합니다.

 

2. 세금신고는 홈택스 상단 메뉴에서 세금신고를 선택하신 후, 화면 중단에서 신고하고자 하는 세금 종류를 선택하시면 됩니다.

 

3. 홈택스에는 모의계산, 간편계산 또는 자동계산 등으로 신고의 편의를 위한 메뉴가 있으니, 실제 신고에 앞서 또는 신고 과정에서 보다 손쉽게 세금 신고하실 수 있습니다.

 

 

 

이상으로 합병분할세제_지분의 연속성 요건, 주식보유요건, 적격합병으로 보는 부득이한 사유에 대해 정리하였습니다.

 

상기 내용은 합병분할세제의 내용을 기반으로 재작성하였습니다.

 

오늘도 좋은 하루 되십시오.

 

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